Jest to najobficiej występujący enzym w mleku. W organizmie wydzielana jest przez gruczoły sutkowe i ślinianki. Jego stężenie wzrasta, gdy zmniejsza się dostępność innych enzymów ochronnych, takich jak lizozymy, laktoferyna czy immunoglobuliny.
Laktoperoksydaza ma dużą zdolność utleniania tiocyjanianu w obecności nadtlenku wodoru. Podczas tych reakcji powstają metabolity pośrednie, które ingerują w system transportu energii i oddychania bakterii, wirusów, grzybów, ograniczając ich wzrost i indukując śmierć komórki, stąd ich działanie bakteriobójcze i bakteriostatyczne.