Jest stosowany w celu zapobiegania rozwojowi Escherichia coli w przewodzie pokarmowym, gdyż uwalnia substancję zwaną reuteryną, o dużej selektywnej zdolności przeciwdrobnoustrojowej.
Istnieją dowody naukowe potwierdzające skuteczność L. reuteri w leczeniu biegunek u dzieci, jako środka wspomagającego w leczeniu Helycobacter pylori oraz w ograniczaniu powstawania próchnicy w zębach.