Niewystarczające spożycie magnezu powoduje wystąpienie długotrwałych objawów. Jeśli niedobór magnezu utrzymuje się przez dłuższy czas, może powodować objawy takie jak: utrata apetytu, nudności, wymioty, zmęczenie i osłabienie. W cięższych przypadkach powoduje drętwienie, mrowienie, skurcze mięśni, drgawki, zmiany osobowości i zaburzenia rytmu serca.
Nadmiar magnezu z diety jest wydalany z organizmu wraz z moczem. Należy uważać na ilość przyjmowanych suplementów i leków, ponieważ nadmiar może prowadzić do biegunki, nudności i skurczów żołądka.