Niedobór manganu nie jest powszechny, ale jeśli się pojawi, powoduje objawy takie jak: zaburzenia wzrostu, utrata masy kostnej i demineralizacja, zaburzenia układu rozrodczego, tolerancja glukozy i metabolizm składników odżywczych, osłabienie, ataksja, depigmentacja włosów i paznokci, wysypki skórne, huśtawki nastroju i silniejszy niż zwykle ból przedmiesiączkowy.
Nadmierna toksyczność manganu powoduje objawy, takie jak drżenie, trudności w chodzeniu, skurcze mięśni twarzy, zaburzenia pamięci, drażliwość, agresywność, halucynacje i utrata apetytu.