Niedobór witaminy B6 nie występuje często u zdrowych osób. Jeśli może wystąpić u osób z dysfunkcją nerek, chorobą wątroby lub uzależnieniem od alkoholu. Ten niedobór może powodować: dezorientację, depresję, drażliwość, owrzodzenia jamy ustnej i języka, neuropatię obwodową, anemię itp.
Wysoka dawka witaminy B6 może powodować trudności z koordynacją ruchu, drętwienie i zmiany sensoryczne.