Niedobór witaminy B9 może być spowodowany niedostatecznym jej spożyciem, zwiększonym zapotrzebowaniem na tą witaminę lub chorobą, która powoduje złe wchłanianie i/lub jej straty.
Ten deficyt może powodować anemię megaloblastyczną, otwarte owrzodzenia na języku, zmianę koloru włosów i paznokci. W przypadku kobiet w ciąży niedobór kwasu foliowego zwiększa ryzyko urodzenia dzieci z wadami cewy nerwowej, niską masą urodzeniową i wcześniakami.
Nadmiar kwasu foliowego może maskować niedobór witaminy B12. Nie należy przyjmować więcej niż 1000 mcg dziennie kwasu foliowego.